Após a Segunda Guerra Mundial, o Comando Aliado no Japão desenvolveu uma nova agência para lidar com o terrorismo e a violência na região do Pacífico. Inicialmente, essa agência era composta por ninjas e focada em assuntos internos.
Com o tempo, o programa cresceu e hoje administra 20.000 ninjas, atuando tanto em operações domésticas quanto internacionais.
Um desses ninjas é Kudo, um garoto de 17 anos, considerado um fracassado no colégio, mas agora prestes a se tornar a primeira linha de defesa contra uma possível onda de assassinos estrangeiros invadindo Tóquio.