Lutando para entender sua memória fragmentada, o estudante do ensino médio Hakuno Kishinami chega à escola com uma forte dor de cabeça.
Olhando pela janela da sala de aula, ele vê duas garotas lutando no pátio. O impacto do combate faz as janelas se estilhaçarem, mas, para sua surpresa, os outros alunos não reagem. De repente, um homem de armadura entra na sala e começa a massacrar os estudantes com sua lança, forçando Hakuno a correr para salvar sua vida.
Depois de escapar do frenesi do cavaleiro, Hakuno percebe que está completamente amnésico, lembrando apenas das palavras “Guerra do Santo Graal”. Vagando pela escola deserta, ele percorre o prédio até ser atacado por dois desconhecidos. Sangrando e cercado por corpos, ele se agarra à vida sem ter nenhuma lembrança de quem realmente é.
Quando os agressores se preparam para acabar com Hakuno, uma voz misteriosa o chama de volta à realidade. Uma mulher de vestido vermelho vibrante aparece diante dele, dizendo que seu fim ainda não chegou. Identificando-o como seu Mestre, ela empunha sua lâmina contra os inimigos, selando um contrato que guiará Hakuno através das provações e tribulações que estão por vir.
