Yagami-kun’s Family Affairs acompanha Yūji Yagami, um estudante do ensino médio com um problema peculiar: sua mãe, Nomi, parece muito jovem, e ele tem uma queda por ela. Para piorar, seu professor também é apaixonado por Nomi devido à sua aparência juvenil. No entanto, Nomi é completamente alheia a isso e está perdidamente apaixonada por seu marido, Yōji, demonstrando seu afeto publicamente—o que só aumenta o constrangimento de Yūji.
Os amigos de Yūji constantemente zombam dele por seu suposto “complexo de mãe”. No Dia dos Namorados, porém, ele recebe uma caixa de chocolates caseiros. O nome no cartão pode ser lido de várias maneiras, sendo a mais comum Masayuki Ikari (um nome masculino), o que leva seus amigos a provocá-lo o dia todo. Mas ao final das aulas, ao ir ao portão da escola para encontrar a pessoa que enviou os chocolates, ele descobre que o nome era, na verdade, Mayuki, uma garota.
A partir daí, Mayuki começa a acompanhá-lo no caminho de volta para casa, e os dois acabam se tornando um casal. O restante da história segue o crescimento do relacionamento de Yūji e Mayuki, enquanto ele lida com suas questões emocionais e busca superar seu “complexo de mãe”.
