O cenário de Fate/Apocrypha se passa em um mundo paralelo ao de Fate/stay night, onde o Grande Cálice foi removido de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal e desapareceu por muitos anos.
Por volta dos anos 2000, época em que deveria ocorrer a Quinta Guerra do Santo Graal, o grupo que roubou o Cálice, Yggdmillennia, declara abertamente sua secessão da Associação dos Magos e revela que está em posse do Santo Graal.
A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, mas quase todos são massacrados instantaneamente por Lancer of Black. Apenas um sobrevive e consegue ativar o sistema de reserva do Grande Cálice, permitindo a invocação de catorze Servos no total.
Isso marca o início da Grande Guerra do Santo Graal em Trifas, onde duas facções entram em conflito:
Facção Negra (Black Faction) — composta pelos membros da Yggdmillennia.
Facção Vermelha (Red Faction) — formada pelos magos enviados pela Associação dos Magos, com exceção de um representante da Igreja.
O próprio Cálice também convoca Ruler, que assume o papel de mediador da guerra.
